Six tronçons (D, E, I, J, N, O) correspondent à des secteurs densément urbanisés. Les impacts sur les milieux naturels sont considérés comme faibles.
Pour les tronçons A, K, B et C, des enjeux localisés ont été identifiés. Au niveau de l’aéroport Roissy-Charles De Gaulle, des couples nicheurs d’Œdicnème criard ont été observés dans l’enceinte de l’aéroport et les terres agricoles autour sont susceptibles d’être utilisées par cette espèce. Pour le tronçon K, la traversée de la Seine et la présence du Parc des Lilas constituent également des enjeux localisés. Pour les tronçons B et C, les secteurs à enjeux se situent au niveau des entités du site Natura 2000 ZPS « Sites de Seine-Saint-Denis ».
Pour les autres tronçons, et particulièrement dans les deux principaux secteurs à enjeux que sont la limite Seine-Saint-Denis / Seine-et-Marne et au niveau du plateau de Saclay, les enjeux écologiques sont omniprésents. Des impacts liés à cette emprise et ces conséquences comme la coupure des continuités ou la destruction et/ou dégradation des habitats et d’espèces végétales peuvent être localement forts et ne pourront être réduits pour les scénarios aériens/terrestres.